ゲーム開始からエンディングまでの流れを紹介。
| ▼攻略チャート【１】 |
| ◆オープニング後デク花を駆使しつつ洞窟をぬけ、クロックタウンへ。 |
| ◆天文台で月の涙を入手。３日目の夜、時計塔上空で時のオカリナを取り戻す。 |
| ◆南門からウッドフォール地方へ。 |
| ◆不思議の森でコウメを助ける。ボートクルーズでデクナッツ城へ。最深部で目覚めのソナタを習得。 |
| ◆ウッドフォール南の台座の上で、目覚めのソナタをラッパで演奏し、神殿を出現させる。 |
| ◆ウッドフォールの神殿でボス撃破。オドルワの亡骸入手。 |
| ▼攻略チャート【２】 |
| ◆北門からスノーヘッド地方へ。 |
| ◆ゴロンの里でふくろうの羽を目印にほこらまで移動。まことのメガネ入手。 |
| ◆ゴロンの幽霊を追いかけていき墓場へ。いやしの歌で成仏させてゴロンの仮面入手。 |
| ◆雪玉に埋もれている長老を助けて半分だけの子守唄を習得。ゴロンのほこらで長老の息子に聴かせてゴロンのララバイにする。 |
| ◆スノーヘッドで吹雪を吹いているダイゴロンをゴロンのララバイで鎮める。 |
| ◆スノーヘッドの神殿でボス撃破。ゴートの亡骸入手。 |
| ◆春のゴロンの里、里前の池で大バクダンを扱う試験をクリアする。 |
| ▼攻略チャート【３】 |
| ◆タルミナ平原南西からミルクロードへ。ロマニー牧場入口の大岩を大バクダンで破壊。 |
| ◆牧場でエポナ奪還。ゴーマントラックでレースに勝利し、ガロのお面をもらう。 |
| ◆タルミナ平原西の柵をエポナで飛び越えてグレートベイへ。 |
| ◆海に浮かんでいるゾーラをロックオンし、陸地まで押していく。いやしの歌で成仏させてゾーラの仮面入手。 |
| ◆マップ北北東辺りの海底にあるドクロ印の板を壊し、海賊の砦へ。 |
| ◆砦内でフックショットと４つのタマゴ（海洋研究所の水槽へ入れる）を入手。また、女海賊の写し絵を撮っておく。 |
| ◆グレートベイの海岸にある漁師の家で、女海賊の写し絵を渡し、タツノオトシゴをもらう。 |
| ◆トンガリ岩でタツノオトシゴに道案内をしてもらい、滝つぼへ。ウミヘビを倒しタマゴ３個を回収。 |
| ◆海洋研究所で潮騒のボサノバを習得。ゾーラのみさきで演奏し（ギター）、カメにのってグレートベイの神殿へ。 |
| ◆グレートベイの神殿でボス撃破。グヨーグの亡骸入手。 |
| ▼攻略チャート【４】 |
| ◆タルミナ平原東をエポナに乗って進んでいく。イカーナの道を経由して、イカーナの墓場へ。 |
| ◆巨大ガイコツを倒し、隊長のボウシを手に入れる。１日目の夜に墓をあばいて、その奥で嵐の歌を修得。 |
| ◆渓谷の崖にいる男にガロのお面をかぶって話しかけ、フックショットで上段へ。イカーナ渓谷へ。 |
| ◆洞窟でシャープに嵐の歌を聞かせ、オルゴールを復活させる。オルゴールハウスの地下でギブドのお面を入手したら、井戸の下へ。 |
| ◆最深部でミラーシールドを入手し、イカーナ古城に進む。ボスを倒してぬけがらのエレジーを覚えたらロックビルへ。 |
| ◆フックショットやぬけがらのエレジーを駆使して登っていく。最上階からロックビルの神殿へ。 |
| ◆ロックビルの神殿でボス撃破。ツインモルドの亡骸入手。 |
| ◆最終日の夜12時以降、クロックタウン南の時計塔に登る。誓いの号令を吹いて月へ。 |
| ◆月の中でラスボスを倒す。 |
| ◆エンディング。THE END。 |
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